《孟德尔妖》-完-4.0

这本书没有推荐序，也算是干净的，只是这个前言有好几处内容，要把我看懵了，翻译的好糟糕，不知所云。豆瓣上好几位读者已经质疑作者的严谨性了，有好几处已被证实是错误的。糟糕！

有点担心，对这本书对负面感知会影响是否读下去，第一章看了一半，翻译依旧维持水准的不咋地，自然选择理论一般都是用演化，而非进化，特定属性的存在没有优劣，只有一个目标就是繁殖生存，这是受其他科普书侵染的认知，到这本真正讲生物学的读物，逻辑变了。因和果的位置都挪移了，代际存留的变异竟然成了进化。再忍耐看看，还有没有其他观点有营养。

豆瓣这本8.5分，不低呢，要是刷出来的，这类追赶时髦和吸睛的发行方，什么后浪、理想国、汗青堂的书，我再也不买了。图书馆借着看看得了。

一本用了诸多个“可能”、“假如”来表达观点的科普书。用猜和概率写书。第三章前提不对，基本不可看了。看到第四章，想弃了。再忍忍。

作者时不时就来个类比。用人造的意识形态解释自然存在，真挺扯的。

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人类基因组计划，结果人类只有2.5万个基因。与芥草相当，稍微多于长约1毫米的线虫。基因的表达并非像人们想象那样简单：一种基因对应一种蛋白质的合成，真实情况是许多基因可以合成不止一种以上的蛋白质，甚至这些都不同的基因可能还会通过相互结合生成更多类型的蛋白质。在基因密码破解的过程中，并非只有基因本身是决定性的，染色体中那些调解蛋白以及RNA和DNA中的那些没有编码的片段是和基因一起来共同决定什么时候，什么位置上对基因进行表达，甚至染色体本身对化学成分和结构变化都会参与到基因对蛋白质表达过程中来。人类细胞核有23对染色体。——摘自知乎

DNA才是人类以及几乎所有生命体的遗传物质。本质上，DNA是由腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）及胸腺嘧啶（T）四种脱氧核糖核酸按照A与T配对，G与C配对的原则组合成的麻花一样的双链。我们人类的DNA总共有约30亿对核苷酸，构成了我们的基因组。——知乎

基因是DNA里面真正能够发挥遗传效应的DNA片段。人类DNA有30亿碱基对，但其中仅有约2%的DNA能够编码RNA或者蛋白质，通常我们把这些能够编码RNA或者蛋白质的DNA片段叫做基因。据估计，在人类基因组上，一共有20000~25000个编码基因，不同基因之间长度差异很大，有些基因只有几百个核苷酸，而有的基因却有几百万个核苷酸。——知乎

染色体是DNA紧密盘绕着组蛋白形成的压缩结构，你可以把它理解为DNA分开存储的一种形式。人类的DNA被分到了23对（总共46条）染色体中储存。你的23对（46条）染色体中的23条来自于你的母亲，另外的23条来自你的父亲。——知乎

第一章 专注简单10亿年
路易斯·巴斯德（1822-1895），法国微生物学家，发明巴氏消毒法。
我们皮肤细菌，1平方厘米1000-10000个，腹股沟和腋窝处更多，每平方厘米100万。人体大约由10的14次方细胞组成，同时还有10的13次方到10的14次方个细菌。人体接近一半细胞是细菌。
——这句读起来懵瞪的。最后一句细胞是细菌，上面那句是并列关系，下面是包含关系？
自然选择可能产生有利于任何物种的任何属性。
——这句都不知道是翻译问题，还是作者的观点。选择产生有利属性，孰为因孰为果！
自然选择需要三个条件：第一必须要有变异发生。第二，这些变异必须导致个体在生存能力和繁殖能力上出现差异。第三后代必须和它们的双亲相似。满足任一个都会通过自然选择。第三个条件（遗传）尤为重要。自我复制是自然选择得以发生的主要条件，同时也是生命存在的主要条件。
RNA有四种核苷酸，用A、C、G、U表示，DNA中，U被T替代。
生物学家判断远古时间发生年代的方法：化石法和分子法。两个方法都可能出现误差，甚至巨大误差。五亿五千万年前的远古时期，化石记录不完整；“分子钟”不稳定。地球自身45亿年历史，细胞出现于35-40亿年。
DNA可以被作为“分子钟”，两个物种间的DNA的差异就和它们距离共同祖先年代长度成正比。
细胞生物有三个重要分支：细菌、真核生物、古生菌。
真核细胞有独立细胞核，细胞核是细胞内一个由膜包裹的区域，里面含有DNA。真核细胞包含亚结构叫“细胞器”，包括溶酶体、中心体、以及线粒体（几乎所有真核细胞中）和叶绿体（大部分植物细胞）。线粒体和呼吸作用有关，糖类作为燃料在这里和氧气发生氧化反应，为全身供能。
原核生物没有细胞核，DNA裸露存在于细胞之中。所有细菌都是原核的。古生菌也是原核的。原核细胞一个重要特征——不进化。有细胞壳
一般，原核细胞比较小0.5～5微米；单细胞真核生物5-2000微米，大多数动植物细胞10-50微米。
生命诞生所需要的因素是大量存在的，而复杂生命的产生则需要一些少见的巧合或者某些罕见的因素。

第二章 生命复杂度定义
动物中一个巨大分界在于脊椎动物（大约120种细胞）和无脊椎动物（大约55种细胞）。脊椎动物包括鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类；无脊椎动物包括没有椎骨的动物。
细胞种数、发育阶段、信息理论，这些都是生命复杂度定义的有力竞争者。基因的个数是个定义复杂度的不错选择。
基因就是DNA上的一段编码，当成一串指令。一个编码消化酶的基因包含了描述如何组装这个蛋白质的编码“……AAGCTGATA……”每三个字母编码一个蛋白质结构单元。蛋白质通过读取基因生成后会在身体中发挥某些特殊的功能。
细菌中大概有2500个基因。大肠杆菌大概4300个，酵母6000个基因。

第三章 突变的灾难

第四章 错误的历史
在合理的不确定度下，细胞生物DNA复制的准确程度在过去35亿年中几乎保持恒定。
病毒很多RNA分子，校对和修复酶在RNA病毒中都是缺失的。如HIV。
DNA和RNA分子结构都是由一长串磷酸和糖类分子交替构成骨架构成。RNA中的糖叫核糖，DNA中核糖少一个氧原子因此叫作脱氧核糖。遗传信息编码位于第三部分，也就是链接在糖分子上的碱基。
在DNA中A、G、C、T，以及RNA中的A、G、C、U这些字母是不同类型的碱基。一个核苷酸单位由一个碱基、一个糖和一个磷酸构成。DNA有双链结构，两条核苷酸链在双螺旋结构中互补排列。通常情况下，RNA以单链形式存在。

DNA是更稳定的一种分子，没有RNA这么容易受到自发性突变的影响。DNA的自发突变有两种类型：a一类是碱基从糖上脱落，形成裸露的糖和磷酸骨架。我们有特殊的修复酶可以把这些碱基装回去。碱基脱落只是DNA降解的一种方式，有可能自发地变成另一种碱基，eg C转变U。b第二类突变是同一条链上的相邻碱基发生交叉绑定，形成“二聚体”的结构。这种类型突变主要是由紫外线造成，又称“阳光突变”。二聚体是皮肤癌元凶之一，也有酶来探测和消除这些二聚体。
单链DNA中碱基脱落的概率是双链DNA的4倍，碱基也易改变，C变U的概率是双链DNA的200倍。
RNA是单链的。缺少复制时进行校对的酶。
DNA复制时，两条链被解开，每条链独自形成自己的互补序列。复制系统知道哪一条是原来的链，哪一条是新复制的链，如果出现错配，校对酶在错配刚刚发生时就能把它们检测出来并重新复制。

病毒的突变率已经接近了无性生殖的上限。

第五章 存在的终极悖论
从金华的角度看，没有任何事物强迫生物必须进行有性生殖。地球上大部分生物的生殖都不是有性生殖。微生物（eg细菌），通常做法是先把细胞内的物质翻倍，再从一个细胞分裂为两个细胞。整个过程不需要从别的细胞接收遗传信息，细菌就可以自己克隆自己。更大的多细胞生物同样采用无性生殖，其中一些采取孤雌生殖的方式完成自我克隆。
在有性生殖中，两个亲代的基因先是被组合、打乱，然后其中的一部分会被抛弃。克隆比有性生殖要简单。有性生殖会使生育率减半。
有性生殖是个未解之谜，有两个理论认可度比较多：a有性生殖帮助我们在进化过程中抵抗寄生虫。b有性生殖能帮助我们移除损坏的基因。一个有说服力的理论应该能解释“有性生殖”是如何帮助普通配对的，而不能仅仅针对一小部分特殊的配对。

雌性只能通过抽象的，间接的方法，借助潜在配偶的外表和行为来评估它们的基因质量。基因质量筛查。

第六章 达尔文式的兼并与收购
最早的融合可能发生在一个较大的细胞吞噬一个较小的细胞时。细胞套细胞的组合也许比任何一个单独存在的细胞都更有效率或更强大，原因可能是这两个细胞有一些互补。在现代真核生物中，被吞噬的细胞的后代以线粒体的形式存在于我们体内。
线粒体是一种棒状结构细胞器，存在于绝大多数的人体细胞中，当作细胞熔炉的作用，在氧气中焚烧燃料并产生能量。线粒体是一个非常重要的竞争优势，因为线粒体生产能量的效率是细菌的20倍。由于两个细胞融合成了一个细胞，融合后的细胞应该包含了一些多余的基因。

融合成为真核细胞的两个原核细胞所贡献的DNA分子，其中一个DNA分子进化成核DNA，另一个分子则成为了细胞器DNA。具有两个特征：1.两个DNA分子遗传方式不同。核DNA采用有性生殖，由父母双方共同生存。细胞器DNA采用无性生殖（或大多采用无性生殖），只能从母亲那获得，无论男孩还是女孩，都遗传了母亲的线粒体DNA。2.两个DNA分子的相对长度和功能发生了改变，核DNA远远大于细胞器DNA并主宰整个细胞。

第七章 豌豆的公正
孟德尔工作主要通过两条定律：分离定律（第一定律）和自由组合定律（第二定律）。
分离定律：适用任何一对一基因。一个个体的属性由来自父母双方的一对遗传因子（基因）控制。在个体的一生中，基因是不变的。当个体开始生殖的时候，每一对基因相互分开。是复杂生命的基础，基因的遗传是公正且均等的：一对中的每一个基因都有50%的概率被遗传下去。
刺客基因不服从分离定理，有超过一半的概率进入后代中，它们产生的后代，都携带了刺客基因。

自由组合定律：控制不同性状的基因遗传到后代中的过程是相互独立的。重组发生两个原因：a两对基因位于不同的染色体上。b在每一对染色体中，父系拷贝和母系拷贝会交换一部分基因。位于染色体两端的基因经常会被互换，因为断点几乎总是位于它们之间。
重组通常具有抑制刺客基因的效果。

第八章 八面玲珑的“定律违反”基因